Pyrrolysine

Pyrrolysine
Structure de la pyrrolysine
Général
Nom IUPAC	N6-[ (2R, 3R) -3-méthyl-3, 4-dihydro-2H-pyrrol-2-ylcarbonyl]-L-lysine
Synonymes	O (Pyl)
No CAS	448235-52-7
PubChem	5460671
SMILES
Propriétés chimiques
Formule brute	C12H21N3O3
Masse molaire	255, 3134 g∙mol-1 C 56, 45 %, H 8, 29 %, N 16, 46 %, O 18, 8 %,
Propriétés biochimiques
Codons	Codon-STOP «ambre» UAG avec séquence d'insertion PylIS
Unités du SI & CNTP, sauf indication contraire.

La pyrrolysine est un acide aminé naturel possédant une correspondance dans le code génétique utilisé par certaines archées^[1] méthanogènes. Il est essentiellement rencontré dans les enzymes faisant partie du métabolisme responsable de la production de méthane. Son nom complet en nomenclature IUPAC est N6-[ (2R, 3R) -3-methyl-3, 4-dihydro-2H-pyrrol-2-ylcarbonyl]-L-lysine. On recommande de désigner cet acide aminé par le trigramme Pyl et le symbole à une lettre O.

Sommaire 1 Expression génétique de la pyrrolysine 2 Notes et références 3 Voir aussi

Expression génétique de la pyrrolysine

Ce dérivé de la lysine est codé par le codon UAG (codon-STOP «ambre» chez la majorité des autres organismes). Ce codon est certainement modifié par la présence d'une séquence spécifique en aval, appelée PYLIS^[2], qui forme une structure en épingle à cheveux (ou «tige-boucle ») dans l'ARNm, forçant l'incorporation d'un résidu pyrrolysine au lieu de terminer la traduction.

Il est aussi intéressant de noter que le codon-STOP UAG semble être utilisé nettement moins fréquemment que les autres codons-STOP et que, quand il est rencontré dans une structure ouverte en lecture, il est toujours suivi peu après par un ou plusieurs des deux autres codon-STOP.

Proche d'un groupe (cluster) de gènes de la méthyltransférase de Methanosarcina barkeri se trouve le gène pylT, qui code un ARN de transfert (ARNt) inhabituel avec un anticodon CUA. Le gène pylS adjacent encode une aminoacyl-ARNt synthétase de classe II qui charge l'ARNt dérivé du pylT avec la pyrrolysine.

L'opéron contenant pylT et pylS se trouve aussi dans le génome séquencé d'autres membres de la famille Methanosarcinaceæ. Des homologues de pylS and pylT ont été décrits dans la bactérie Gram-positive Desulfitobacterium hafniense. La fonction de ces gènes putatifs dans ces organismes demeure inconnue. Il a été démontré à l'origine que l'ARNt (CUA) codé par pylT peut se charger de la lysine par PylS. Plus il y a peu de temps, il a été montré que l'ARNt (CUA) peut être chargé avec la lysine in vitro avec l'action concertée des Lysyl-ARNt synthétases de classe I et de classe II de M. barkeri. Le chargement d'un ARNt (CUA) avec la lysine est l'hypothèse originelle de la première étape dans la traduction des codons UAG (ambre) en pyrrolysine chez certains méthanogènes. Le modèle actuel fondé sur des données in vitro et in vivo est en faveur de l'hypothèse du chargement direct de la pyrrolysine sur l'ARNt (CUA) par la protéine produite par le gène pylS. Ceci fait de la pyrrolysine le 22^ème acide aminé naturel codé génétiquement.

Notes et références

Voir aussi

• (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu d'une traduction de l'article de Wikipédia en anglais intitulé «Pyrrolysine».

Liens externes

• l'article de Chemical and Engineering News (27 mai 2002) sur la découverte de l'acide aminé

Bibliographie

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